垃圾焚烧炉项目大力推进的背后，担心的不是二恶英排放，而是垃圾分类落实不力。在不分类回收和选择的情况下，垃圾是无法变废为宝的。进入焚烧厂后，只是劣质发电材料。在享受补贴的同时，这种模式也隐藏着很多隐患。
目前，我国越来越重视垃圾分类的重要性。现已有小部分城市开始试行垃圾分类，未来垃圾分类将通过立法来操作。我国生活垃圾种类多，成分变化大，严重影响垃圾焚烧厂的运行控制。垃圾不分类混放，有塑料、纸张等可燃物质，也有玻璃、金属等不可燃物质。在这种原料环境下，燃烧过程容易结块，燃速低，甚至熄火、熄火，直接导致“损渣、损设备”。
未分类垃圾导致垃圾处理和发电成本大幅增加。在我国城市生活垃圾中，厨余垃圾中含有很多有机垃圾成分，厨余垃圾的含水量基本决定了垃圾的含水量。垃圾含水量高、粘附性强，使得垃圾焚烧厂很难对垃圾进行机械分拣等预处理。同时，高含水率降低了垃圾的热值，不可能实现自燃。需要添加高热值的煤等辅助燃料。
研究表明，我国城市生活垃圾平均含水率超过50%，平均低位热值仅为4000kJ/kg，焚烧炉燃料低位热值为6000kJ/kg。
对于未分类的垃圾，即使采用与国外相同的技术和设备，垃圾焚烧也可能造成二次污染。例如，厨余垃圾是城市固体废物中N和Cl的主要来源。这种生物质废物会增加焚烧和重金属排放造成的污染。
垃圾先分类焚烧，也有利于控制致癌物二恶英的产生。垃圾焚烧会产生二恶英。必要条件是含有氯。垃圾中的含氯塑料制品和含盐量较多的餐厨垃圾是二恶英的“罪魁祸首”。此外，如果垃圾含水量过高，又没有辅助措施，高盐废水焚烧炉烟气很难保持820℃或更高的高温。
